Izanagi y su hermana y consorte Izanami son los últimos de los dioses primordiales, encomendados por los dioses celestiales a «hacer, consolidar y dar a luz» la tierra flotante de abajo. De pie sobre el Puente Flotante del Cielo, agitan la salmuera con una lanza enjoyada:
廼以天之瓊〈瓊，玉也，此曰努。〉矛，指下而探之，是獲滄溟。其矛鋒滴瀝之潮，凝成一島，名之曰磤馭慮島
«Entonces hundieron la lanza enjoyada del Cielo y, tanteando con ella, hallaron el océano. La salmuera que goteaba de la punta de la lanza se coaguló y se convirtió en una isla, que recibió el nombre de Ono-goro-jima.» — Nihon Shoki, Libro I; versión española a partir de la traducción inglesa de W. G. Aston (Nihongi, 1896)
Desde esa isla, Onogoro, la pareja desciende, se casa y engendra las islas de Japón y una multitud de dioses de la naturaleza. Izanami muere al dar a luz al dios del fuego Kagutsuchi, e Izanagi, desconsolado, decapita a su propio hijo y viaja a Yomi para recuperarla. La encuentra descompuesta y cubierta de gusanos, rompe su promesa de no mirarla y huye horrorizado, sellando la entrada con una enorme roca mientras ella lo maldice desde el otro lado.
De regreso al mundo de los vivos, Izanagi se purifica en un río, y de esa purificación, realizada en soledad, nacen tres de las mayores deidades de Japón: Amaterasu de su ojo izquierdo, Tsukuyomi de su ojo derecho y Susanoo de su nariz. Concluida su obra de creación, Izanagi se retira del mundo; la tradición sitúa su morada final en la isla de Awaji, donde hoy se alza el santuario Izanagi Jingu.
