Izanagi und seine Schwester-Gemahlin Izanami sind die letzten der Urgottheiten, von den himmlischen Göttern damit beauftragt, das treibende Land darunter zu „erschaffen, zu festigen und zu gebären”. Auf der Schwebenden Brücke des Himmels stehend, rühren sie die Salzflut mit einem Juwelenspeer:
廼以天之瓊〈瓊，玉也，此曰努。〉矛，指下而探之，是獲滄溟。其矛鋒滴瀝之潮，凝成一島，名之曰磤馭慮島
“Da stießen sie den Juwelenspeer des Himmels hinab und ertasteten damit den Ozean. Die Salzflut, so von der Spitze des Speeres troff, gerann und ward zu einer Insel, welche den Namen Ono-goro-jima empfing.” — Nihon Shoki, Buch I; deutsche Fassung nach der englischen Übersetzung von W. G. Aston (Nihongi, 1896)
Von dieser Insel, Onogoro, steigt das Paar herab, vermählt sich und bringt die Inseln Japans sowie eine Vielzahl von Naturgottheiten hervor. Izanami stirbt bei der Geburt des Feuergottes Kagutsuchi, und der von Trauer überwältigte Izanagi enthauptet den eigenen Sohn und reist nach Yomi, um sie zurückzuholen. Er findet sie verwest und von Maden wimmelnd vor, bricht sein Versprechen, nicht hinzusehen, und flieht entsetzt, wobei er den Eingang mit einem gewaltigen Felsblock verschließt, während sie ihn von der anderen Seite verflucht.
In die Welt der Lebenden zurückgekehrt, reinigt sich Izanagi in einem Fluss, und aus dieser Waschung, allein vollzogen, werden drei der größten Gottheiten Japans geboren: Amaterasu aus seinem linken Auge, Tsukuyomi aus seinem rechten und Susanoo aus seiner Nase. Da sein Schöpfungswerk vollendet ist, zieht sich Izanagi aus der Welt zurück; der Überlieferung nach liegt sein letzter Wohnsitz auf der Insel Awaji, wo heute der Izanagi-Jingū steht.
