伊邪那岐與其妹兼配偶伊邪那美,是最後誕生的原初神祇,受天界眾神之命,要去「創造、鞏固並生成」下方漂浮不定的大地。二神立於天浮橋之上,以玉矛攪動下界的鹹水:
廼以天之瓊〈瓊，玉也，此曰努。〉矛，指下而探之，是獲滄溟。其矛鋒滴瀝之潮，凝成一島，名之曰磤馭慮島
於是垂下天之瓊矛向下探尋，得到了蒼茫大海。矛尖滴落的海水凝結成一座島，命名為磤馭慮島。 — 《日本書紀》卷第一·神代上；白話語譯：本站
二神自那座名為淤能碁呂島的島嶼降臨,結為夫妻,生下了日本諸島與眾多的自然神祇。伊邪那美因誕下火神迦具土神而身亡,伊邪那岐悲痛欲絕,親手斬殺了自己的兒子,並前往黃泉之國,欲將她尋回。他見到她的軀體已然腐朽,蛆蟲爬滿全身,遂違背了不可窺看的誓言,驚駭逃離,並以一塊巨石封住洞口——伊邪那美則在石的另一側對他發出詛咒。
返回陽世之後,伊邪那岐獨自於河中禊祓淨身,自這場潔淨儀式中,誕生了日本最偉大的三位神祇
,月讀生於他的右眼,須佐之男則生於他的鼻。創世大業既已完成,伊邪那岐便退隱於世;傳說其最終棲居於淡路島,今日伊弉諾神宮即坐落於此。