伊邪那岐とその妹であり妻でもある伊邪那美は、原初の神々の最後に生まれた神であり、天津神より漂える下界の国土を「作り固め成せ」と命じられた。二柱は天の浮橋に立ち、玉の矛で潮をかき混ぜる。
廼以天之瓊〈瓊，玉也，此曰努。〉矛，指下而探之，是獲滄溟。其矛鋒滴瀝之潮，凝成一島，名之曰磤馭慮島
そこで天の瓊矛（ぬぼこ）を下ろして海をかき探ったところ、青い海原を得た。矛の先から滴り落ちた潮が固まって一つの島となり、これを磤馭慮島（おのごろじま）と名づけた。 — 『日本書紀』巻第一「神代上」；訳：本サイト
こうして生まれた島、淤能碁呂島に二柱は降り立ち、夫婦の契りを結んで、日本の島々とあまたの自然神とを生み出していく。しかし伊邪那美は火の神・迦具土神を産み落とした際に命を落とし、悲嘆に暮れた伊邪那岐はわが子の首を刎ねると、妻を取り戻そうと黄泉国へと赴く。そこで彼が目にしたのは腐れ果て、蛆にたかられた伊邪那美の姿であった。決して見てはならぬという約束を破った伊邪那岐は恐れをなして逃げ出し、巨大な岩で黄泉への入り口を塞ぐが、伊邪那美はその向こうから彼を呪う。
生者の世界に戻った伊邪那岐は、川で禊を行う。この時、独りで行われた禊から、日本で最も重要な三柱の神が生まれた——左目からは天照大神、右目からは月読命、そして鼻からは須佐之男命である。国生み・神生みの大業を終えた伊邪那岐はこの世を退き、伝承によればその終焉の地は淡路島にあるとされ、そこには今も伊弉諾神宮が鎮座している。
